Probe the cache for entries found by bfcquery using the given query.

Usage

quickOnto(query, cache = BiocFileCache::BiocFileCache(), qans.only = FALSE)

Arguments

query: character(1), will be used by BiocFileCache::bfcquery
cache: instance of class(BiocFileCache::BiocFileCache())
qans.only: logical, defaulting to FALSE, if TRUE, just return the bfcquery result.

Note

Take only the last entry found if there are multiple hits. Use `setup_entities2` to transform owl to ontologyIndex and cache the result if this is absent for the owl identified by query.

Examples

aeo = quickOnto("aeo.owl")
#> multiple hits, returning last
str(aeo)
#> List of 6
#>  $ id       : Named chr [1:250] "AEO_0000013" "CARO_0000043" "AEO_0000078" "AEO_0000221" ...
#>   ..- attr(*, "names")= chr [1:250] "AEO_0000013" "CARO_0000043" "AEO_0000078" "AEO_0000221" ...
#>  $ name     : Named chr [1:250] "single-cell tissue" "simple tissue" "lumen of tube" "open anatomical space" ...
#>   ..- attr(*, "names")= chr [1:250] "AEO_0000013" "CARO_0000043" "AEO_0000078" "AEO_0000221" ...
#>  $ parents  :List of 250
#>   ..$ AEO_0000013 : chr "CARO_0000043"
#>   ..$ CARO_0000043: chr "CARO_0000003"
#>   ..$ AEO_0000078 : chr "AEO_0000221"
#>   ..$ AEO_0000221 : chr "CARO_0000005"
#>   ..$ AEO_0000079 : chr "AEO_0000222"
#>   ..$ AEO_0000222 : chr "CARO_0000005"
#>   ..$ AEO_0000080 : chr "CARO_0000010"
#>   ..$ CARO_0000010: chr "CARO_0000007"
#>   ..$ AEO_0000081 : chr "CARO_0000043"
#>   ..$ AEO_0000082 : chr "CARO_0000055"
#>   ..$ CARO_0000055: chr "CARO_0000003"
#>   ..$ AEO_0000083 : chr "AEO_0000082"
#>   ..$ CL_0000138  : chr "CL_0000667"
#>   ..$ CL_0000058  : chr [1:2] "CL_0000055" "CL_0000667"
#>   ..$ CL_0000062  : chr [1:2] "CL_0000055" "CL_0002320"
#>   ..$ AEO_0000168 : chr "CARO_0000011"
#>   ..$ AEO_0000085 : chr "AEO_0000082"
#>   ..$ AEO_0000086 : chr "AEO_0000083"
#>   ..$ AEO_0000087 : chr "AEO_0000081"
#>   ..$ AEO_0000090 : chr "AEO_0000081"
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#>   ..$ CL_0000057  : chr "CL_0002320"
#>   ..$ AEO_0000091 : chr "AEO_0000081"
#>   ..$ AEO_0000092 : chr "AEO_0000081"
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#>   ..$ AEO_0000108 : chr "CARO_0000032"
#>   ..$ AEO_0000109 : chr "AEO_0000193"
#>   ..$ AEO_0000193 : chr "CARO_0000032"
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#>   ..$ CARO_0000070: chr "CARO_0000073"
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#>   ..$ CL_0000068  : chr [1:2] "CL_0000066" "CL_0002371"
#>   ..$ AEO_0000115 : chr "CARO_0000066"
#>   ..$ CL_0000075  : chr [1:2] "CL_0000066" "CL_0002371"
#>   ..$ AEO_0000117 : chr "AEO_0000115"
#>   ..$ AEO_0000118 : chr "AEO_0000114"
#>   ..$ AEO_0000119f: chr "CARO_0000066"
#>   ..$ AEO_0000122 : chr "CARO_0000043"
#>   ..$ AEO_0000123 : chr "CARO_0000043"
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#>   ..$ CARO_0000003: chr "CARO_0000006"
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#>   ..$ CARO_0000012: chr "CARO_0000003"
#>   ..$ AEO_0000127 : chr "AEO_0000125"
#>   ..$ CL_0000445  : chr "CL_0000144"
#>   ..$ AEO_0000129 : chr "AEO_0000125"
#>   ..$ AEO_0000131 : chr "AEO_0000125"
#>   ..$ CL_0000034  : chr "CL_0000144"
#>   ..$ AEO_0000132 : chr "AEO_0000125"
#>   ..$ AEO_0000135 : chr "AEO_0000123"
#>   ..$ AEO_0000136 : chr "AEO_0001012"
#>   ..$ AEO_0001012 : chr "AEO_0000123"
#>   ..$ CL_0000127  : chr "CL_0000128"
#>   ..$ CL_0000129  : chr "CL_0000243"
#>   ..$ CL_0000128  : chr "CL_0000126"
#>   ..$ AEO_0000137 : chr "AEO_0000123"
#>   ..$ AEO_0000138 : chr "AEO_0000123"
#>   ..$ CL_0000526  : chr "CL_0000540"
#>   ..$ CL_0000527  : chr "CL_0000540"
#>   ..$ AEO_0000139 : chr "AEO_0001011"
#>   ..$ AEO_0001011 : chr "AEO_0000123"
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#>   ..$ AEO_0000142 : chr "AEO_0000122"
#>   ..$ CL_0000746  : chr "CL_0000737"
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#>   ..$ AEO_0000144 : chr "AEO_0000140"
#>   ..$ AEO_0000145 : chr "CARO_0000043"
#>   ..$ AEO_0000146 : chr "AEO_0000145"
#>   ..$ AEO_0000147 : chr "AEO_0000148"
#>   ..$ AEO_0000148 : chr [1:2] "AEO_0000146" "AEO_0001016"
#>   ..$ AEO_0001016 : chr "AEO_0000125"
#>   ..$ CL_0000335  : chr "CL_0000134"
#>   ..$ AEO_0000149 : chr "AEO_0000148"
#>   ..$ CL_0000680  : chr [1:2] "CL_0000055" "CL_0002371"
#>   ..$ AEO_0000150 : chr "AEO_0000148"
#>   ..$ AEO_0000151 : chr "AEO_0000145"
#>   ..$ AEO_0000152 : chr "AEO_0000145"
#>   ..$ CL_0000134  : chr "CL_0000063"
#>   ..$ AEO_0000153 : chr "AEO_0000187"
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#>   .. [list output truncated]
#>  $ children :List of 250
#>   ..$ AEO_0000013 : chr(0) 
#>   ..$ CARO_0000043: chr [1:10] "AEO_0000013" "AEO_0000081" "CARO_0000066" "AEO_0000122" ...
#>   ..$ AEO_0000078 : chr(0) 
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#>   ..$ AEO_0000222 : chr "AEO_0000079"
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#>   ..$ CARO_0000010: chr [1:5] "AEO_0000080" "AEO_0000161" "AEO_0000162" "AEO_0000204" ...
#>   ..$ AEO_0000081 : chr [1:6] "AEO_0000087" "AEO_0000090" "AEO_0000091" "AEO_0000092" ...
#>   ..$ AEO_0000082 : chr [1:2] "AEO_0000083" "AEO_0000085"
#>   ..$ CARO_0000055: chr [1:10] "AEO_0000082" "AEO_0000095" "AEO_0000096" "AEO_0000187" ...
#>   ..$ AEO_0000083 : chr "AEO_0000086"
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#>   ..$ AEO_0000085 : chr(0) 
#>   ..$ AEO_0000086 : chr(0) 
#>   ..$ AEO_0000087 : chr [1:2] "AEO_0000179" "AEO_0000180"
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#>   ..$ AEO_0000108 : chr(0) 
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#>   ..$ AEO_0000117 : chr(0) 
#>   ..$ AEO_0000118 : chr [1:2] "AEO_0000219" "AEO_0001002"
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#>   ..$ AEO_0000125 : chr [1:13] "AEO_0000127" "AEO_0000129" "AEO_0000131" "AEO_0000132" ...
#>   ..$ CARO_0000003: chr [1:13] "CARO_0000043" "CARO_0000055" "CARO_0000024" "CARO_0000040" ...
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#>   ..$ AEO_0000137 : chr [1:2] "AEO_0000201" "AEO_0000202"
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#>   ..$ CL_0000527  : chr(0) 
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#>   ..$ AEO_0001011 : chr "AEO_0000139"
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#>   ..$ AEO_0000142 : chr(0) 
#>   ..$ CL_0000746  : chr(0) 
#>   ..$ AEO_0000143 : chr(0) 
#>   ..$ AEO_0000144 : chr(0) 
#>   ..$ AEO_0000145 : chr [1:3] "AEO_0000146" "AEO_0000151" "AEO_0000152"
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#>   ..$ AEO_0000221 : chr [1:4] "CARO_0000000" "CARO_0000007" "CARO_0000005" "AEO_0000221"
#>   ..$ AEO_0000079 : chr [1:5] "CARO_0000000" "CARO_0000007" "CARO_0000005" "AEO_0000222" ...
#>   ..$ AEO_0000222 : chr [1:4] "CARO_0000000" "CARO_0000007" "CARO_0000005" "AEO_0000222"
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#>   ..$ CARO_0000010: chr [1:3] "CARO_0000000" "CARO_0000007" "CARO_0000010"
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